Вчені виявили в кишковій мікрофлорі 1952 невідомих раніше видів бактерій, повідомляється в. Більше чверті з них відноситься до невідомих сімействів, а 40 відсотків - до невідомих пологів. Судячи з послідовностей геному, деякі з них виробляють антимікробні речовини або речовини, потенційно застосовні в біотехнології.
В останні роки з'явилося чимало досліджень, які показували, що кишковий мікробіом впливає на імунну систему, регулює роботу мозку, впливає на психологію і поведінку. Вчені пов'язали «неправильний» склад кишкової мікрофлори з виникненням гіпертонії та інсульту, а також із затримкою росту дітей. Однак склад кишкового мікробіома досі вивчений не надто добре.
Британські, австралійські та канадський дослідники під керівництвом Роберта Флінна (Robert D. Finn) з Європейського інституту біоінформатики реконструювали понад 92 тисяч геномів організмів зі зразків кишкового мікробіома 11850 осіб. Переважно це були жителі Європи чи Північної Америки. Автори досліджували зразки за допомогою метагеномного аналізу, який дозволяє вивчати мікробні спільноти, що мешкають у різних середовищах або організмах, не виділяючи окремі види бактерій, вірусів або грибків.
Вчені секвенували зразки кишкової мікрофлори, збирали бактеріальні геноми і порівнювали їх з відомими послідовностями, які вже були в базі даних Національного інституту здоров'я. Таким чином вони знайшли вже відомі види бактерій і виключили їх з подальшого аналізу. З решти 11,9 тисяч геномів вони вибрали ті, послідовності яких були зібрані більш ніж наполовину. Крім того, вчені перевірили обрані геноми на можливу відповідність вже відомим таксонам бактерій. Вони порівняли можливі послідовності бактеріальних білків з референтними, з бази даних (знаючи послідовність ДНК в тому чи іншому гені, можна визначити і послідовність білка, який він кодує). Всього автори відібрали 1952 генома.
Дослідники змогли віднести понад 90 відсотків геномів до певного типу, класу і загону бактерій. Але більше чверті геномів (26 відсотків) відносилися до невідомих сімействів, а 40 відсотків - до невідомих пологів. Ті бактерії, які вдалося класифікувати, найчастіше входили в сімейство коріобактерій (Coriobacteriaceae, 20,6 відсотків), або відносилися до роду колінзелл (17,7 відсотків) і клостридій (7,3 відсотка). Також автори знайшли в послідовностях бактеріальних ДНК гени, пов'язані з синтезом бактеріоцинів (білків, що переважають діяльність бактерій того ж або споріднених видів) і нерибосомальних пептидів. Можливо, бактерії у складі кишкової мікрофлори виробляють антибактеріальні речовини або речовини, потенційно застосовні в біотехнології.
Вчені не тільки вивчають кишковий мікробіом людини, а й знаходять їй незвичайне застосування. Так, нещодавно дослідники запропонували робити з кишкового мікробіома марафонців харчові добавки, або впізнавати по мікробіомному відбитку залізаючих в будинки злодіїв.