Вчені з декількох інститутів США створили мікрофлюїдний пристрій, яка дозволяє проводити аналіз хроматину з рекордно малого кількості клітин. Наприклад, новий метод може дозволити проведення епігенетичних (тобто відносяться до білкових модифікацій ДНК) досліджень стовбурових клітин ембріонів на ранній стадії розвитку. Робота опублікована в.
Нова технологія включала в себе кілька основних етапів. Спочатку автори поміщали в мікроканал колоїдні частинки з щепленими антитілами, специфічними до аналізованих білків хроматину. Далі в канал закачували розчин фрагментованої ДНК, зшитої з білками хроматину, які адсорбувалися на мікрочастинках за рахунок взаємодії з антитілами.
Щоб відмити комплекс «ДНК-білок-мікрочастинка» від «зайвого» матеріалу, весь пристрій струсили, прокачуючи при цьому через канал чистий буферний розчин. Після відмивання мікрочастинки з адсорбованими білками і фрагментами ДНК збирали, комплекси білків і нуклеїнової кислоти «розшивали» і ДНК секвенували.
Автори тестували нову технологію, аналізуючи гемоцитобласти з печінки ембріона миші. Ці клітини є ранніми попередниками кров'яних тілець. На ранній стадії розвитку плоду їх дуже важко отримати у великій кількості, що ускладнює їх аналіз. За допомогою нової технології вдалося виділити необхідні фрагменти ДНК зі зразка, що включав тільки 100 клітин.
Описаний у роботі експеримент є модифікацією імунопреципітації хроматину. Цей метод використовується для аналізу специфічних взаємодій ДНК з білками, наприклад, гістонами. В основі методу лежить хімічна «зшивка» білків з ДНК, руйнування нуклеїнової кислоти ультразвуком і подальше виділення фрагментів ДНК за рахунок специфічних антитіл.
Подібні методи застосовуються як у фундаментальних дослідженнях так і в медичній діагностиці. Їх широке поширення ускладнене, оскільки в традиційних методиках потрібно дуже велике число клітин, близько 107. Нова технологія може дозволити значно скоротити це число і зробити епігенетичні дослідження більш доступними.