Чумна паличка, яка викликала пандемію чуми, що в Середні століття спалахнула в Європі, періодично з'являлася в Західній Європі, викликаючи все нові спалахи хвороби. Ймовірно, збудника чуми привозили по торгових шляхах з Центральної Азії або з Західного Уралу, йдеться в статті, опублікованій в. До такого висновку автори дослідження прийшли в результаті вивчення історичних та археологічних даних, а також вивчення п'яти геномів збудника хвороби, знайдених в останках середньовічних європейців.
Пандемія чуми, яку часто називають Чорною смертю, почалася в Європі в середині XIV століття і тривала до кінця XVIII століття. За різними оцінками, під час першого спалаху хвороби (1347-1353) загинуло від 30 до 50 відсотків населення континенту. Згодом чума починалася кожні 10-15 років у різних країнах Європи. Відомо, що чума відноситься до зоонозів, тобто передається від тварин (гризунів) до людини, а одним з переносників інфекції є щурячі блохи. Тварини є природним резервуаром чумної палички
Дослідники неодноразово задавалися питанням, як і де збудник хвороби міг зберегтися такий довгий час. Щоб відповісти на нього були висунуті дві гіпотези. Згідно з першою з них, після того, як чумна паличка потрапила до Європи в середині XIV століття, вона зберігалася в одному або декількох резервуарах в Західній Європі, і періодично провокувала спалахи хвороби. Згідно з другою гіпотезою, чумну паличку періодично привозили в Західну Європу зі Східної або з Центральної Азії, мабуть, торговими шляхами.
Щоб зрозуміти це питання, дослідники з Норвегії, Франції, Італії та Великобританії під керівництвом Нільса Стенсета (Nils Stenseth) з університету Осло відсеквенували п'ять геномів чумної палички, які вони виявили в похованнях середини XIV століття у Франції, Бельгії, Нідерландах і Норвегії. В якості референтних геномів дослідники використовували послідовності 126 сучасних різновидів, і 14 вже опублікованих геномів середньовічної чумної палички. Крім того автори статті проаналізували історичні джерела та археологічні знахідки з європейських поховань.
В результаті дослідники прийшли до висновку, що періодично приїжджала в Західну Європу, ймовірно по торгових шляхах, разом з товарами. Виявилося, що геном чумної палички, знайдений в останках з Італії, з Тоскани, відрізнявся від ДНК інших середньовічних штамів. Дослідники припустили, що, можливо, цей різновид бактерії приїхав з торговими кораблями в Пізу (в середньовіччі це був великий порт), а звідти потрапила в інші регіони Італії.
Два геноми чумної палички, виявлені в похованні в Нідерландах, виявилися генетично схожі геноми бактерій, знайдених в останках жертви чуми в Лондоні і в Булгарі. В обох містах спалахи чуми трапилися на початку 1360-х років. Булгар був столицею процвітаючої держави Волзька Булгарія, і великим центром торгівлі. Його кілька разів знищували монголи, в тому числі місто було спалене в 1361 році. Під час розкопок у Булгарі археологи знайшли свинцеві пломби з Фландрії середини XIV століття, які вішалися на рулони тканин. Знахідки свідчили про те, що Фландрія і Волзька Булгарія вели торгівлю, так що чумна паличка могла переїхати з однієї країни в іншу разом з товарами.
Що стосується аналогічного штаму з Лондона, вона могла приїхати разом з пушниною з Великого Новгорода або Булгара. Обидва ці міста в середні століття були центрами з торгівлі хутрами. Новгород, до того ж, входив до Ганзейського союзу. У свою чергу Англія надавала торгові привілеї торговцям з Ганзейських міст, тому цілком ймовірно, що хутра з Новгорода через Ганзейські міста Німеччини потрапляли в Лондон.
Ще одним маршрутом, за яким чумна паличка могла опинитися в Європі, був торговий шлях з того ж Булгара в чорноморську Каффу (нині Феодосія), а звідти - в країни Південної Європи. У середині XIV століття правителі Золотої Орди, під владою якої перебувала Волзька Булгарія, ввели нові правила торгівлі пушниною. Після цього булгарські торговці почали імпортувати хутра з так званої «Землі темряви», яка, імовірно, перебувала на річці Каме. В цей же час з'явився і новий торговий шлях зі столиці Золотої Орди Сарая через кримські міста в Європу. Арабський історик Ібн аль-Варді, який помер від чуми в Алеппо в 1349 році, співвідносив появу інфекції і поверненням арабських купців з Криму. Він писав, що батьківщиною чуми були «Землі темряви», в яких хвороба спалахнула на 15 років раніше, ніж у Європі. Можливо, купці могли привезти збудника хвороби разом з пушниною з Сараю або міст Криму. Також ймовірно, що пушниною булгарські купці торгували не тільки з європейцями, але і з країнами Центральної Азії, в яких збудник чуми зустрічається досі. А з азіатських країн торговими шляхами неодноразово могла потрапляти до Європи.
Раніше вчені показали, що епідемії чуми траплялися в Європі і в кам'яному столітті. Збудник хвороби потрапив сюди з Центральної Азії, потім «повернувся» назад. А найдавніша чумна паличка сучасного типу віком близько 3,8 тисяч років знайшлася в Самарській області.