Дослідники Массачусетського технологічного інституту змогли значно збільшити обсяг інформації, одержуваної з РНК клітин, змінивши широко використовувану методику Seq-Well.
Секвенування дозволяє вченим отримати досить багато інформації про клітини. Але чим більше інформації хочеться отримати, тим більш повільним стає процес секвенування. Тепер біологи створили технологію, яка дозволяє витягувати в 10 разів більше інформації, ніж попередні експрес-методи.
Секвенування РНК окремих клітин може розповісти вченим про багато процесів, які відбуваються всередині цих об'єктів. Але частина важливої інформації все одно залишається втраченою. Додаткова інформація, отримана з РНК клітин, могла б, наприклад, допомогти відрізнити схожі захворювання один від одного.
Нова технологія, розроблена американськими дослідниками, заснована на методі Seq-Well, який дозволяє швидко секвенувати РНК відразу декількох окремих клітин. Цей метод, як і інші високопродуктивні підходи, не дозволяє зібрати стільки ж інформації про окрему клітину, скільки дозволяють більш повільні і дорогі методи секвенування РНК.
У новій роботі дослідники хотіли відновити втрачену в ході такого продуктивного секвенування інформацію. Для цього вчені вирішили модифікувати один з етапів процесу, на якому, імовірно, втрачалася левова частка інформації. На цьому етапі кількість молекул комплементарної ДНК збільшується за допомогою полімеразної ланцюгової реакції, щоб отримати достатню кількість копій ДНК для секвенування.
Щоб збільшити кількість молекул, що проходять через цей етап, вчені додали до них другу послідовність праймерів, щоб полегшити ПЛР-ферментам копіювання цих молекул. Використовуючи цей метод, дослідники показали, що можуть отримувати набагато більше інформації з однієї клітини. Біологи спостерігали п'ятикратне збільшення числа генів і десятикратне збільшення числа РНК-транскриптів.
Використовуючи нову методику, дослідники проаналізували 19 біопсій шкіри пацієнтів, що представляють п'ять різних шкірних захворювань - псоріаз, акне, проказу, алопецію (аутоімунне захворювання, що викликає випадання волосся) і кільцеву гранулему (хронічне дегенеративне захворювання шкіри). наприклад, подібні популяції виділяються при запаленні Т-клітин виявилися активними як при проказі, так і при кільцевій гранулемі.
Вчені також виявили деякі особливості, які були унікальні для конкретного захворювання. У тканинах кількох хворих на псоріаз автори виявили, що клітини, звані кератиноцитами, експресують гени, які дозволяють їм ділитися і керувати запаленням, що спостерігається при цьому захворюванні.