Дослідники з Бразилії описали новий вид ДНК-вірусів, що паразитують на амебах. Аналіз генома вірусу показав, що майже всі його гени є унікальними і не схожі ні на гени інших вірусів амеб, ні на які-небудь містяться в базах даних послідовності ДНК. Статтю, що описує детальне дослідження вірусу із загадковим походженням, автори попередньо виклали на BceRxiv, коротко про неї розповідає.
Віруси амеб зацікавили вчених після відкриття у найпростіших незвичайних паразитів - гігантських вірусів, які за розмірами не поступаються бактеріям. Перші з них були названі мімівірусами, і з моменту їх опису в 2003 році були виявлені десятки видів гігантських вірусів. Їх особливістю є не просто розмір частинок, але і дуже великий геном, що кодує сотні генів, в тому числі компоненти апарату синтезу білка, в той час як у багатьох звичайних вірусів кількість генів буквально можна перерахувати по пальцях.
Всі раніше описані віруси аміб об'єднує кілька загальних рис. Зокрема, великий геном містить близько 20 загальних генів, що вказують на єдине походження, що дозволяє віднести гігантські віруси до суперсімейству NCLDV (nucleocytoplasmic large DNA viruses - великі ядерно-цитоплазматичні ДНК-містні віруси).
У пошуках нових видів гігантських вірусів дослідники з Федерального університету Мінас-Жерайс (Бразилія) виділяли вірусні частинки з аміб роду зібраних у донних відкладеннях місцевого озера. Їм вдалося виявити новий, відносно невеликий вірус, який назвали яравірусом на честь божества Яру («мати води») з міфології місцевих індіанців.
Аналіз геному вірусу розміром приблизно 45 тисяч пар підстав дозволив передбачити наявність 74 генів, з яких тільки шість вдалося ідентифікувати за допомогою пошуку за гомологією (схожістю) в базах даних. Очевидно, вони кодують «звичайні» вірусні ферменти типу ДНК-полімерази. Решта 68 генів, тобто більше 90 відсотків всіх генів яравірусу, не тільки виявилися не схожі на гени інших вірусів амеб, але і взагалі ні на які відомі білок-кодуючі послідовності ДНК (такі гени в термінології біоінформатиків називаються орфанними).
Пошук за метагеномними базами даних, тобто базами, що містять послідовності із сукупності організмів у будь-якій екосистемі, не дозволив віднести яравірус до якоїсь відомої таксономічної групи, і дослідники уклали, що це раніше не описаний рідкісний вірус, нерідкий вірусам із суперсімейства, до якого належать інші паразити найпростіших. Особливості життєвого циклу яравірусу дозволили припустити, що не є його головним господарем, і спочатку він паразитував на якомусь іншому організмі.
Втім, за словами вірусологів, коментарі яких наводить, орфанний геном - не така вже велика рідкість у світі вірусів, нові види яких відкривають регулярно. Це швидше вказівка на слабку вивченість вірусів та їх родинних зв'язків в цілому. Вчені оцінюють кількість існуючих видів вірусів в мільйони, в той час як в центральній базі даних GenBank міститься всього 9 тисяч послідовностей вірусних геномів. Так, у свіжій роботі, опублікованій в журналі eLife, біоінформатики передбачили існування в тканинах тварин декількох тисяч кільцевих ДНК вірусів, з яких близько 600 виявилися володарями повністю невідомих генів.