На сучасному рівні розвитку землеробства, можливості застосування біологічного методу боротьби зі злісними бур'янами на основі використання фітофагів, мікроорганізмів, вірусів і т. д. поки обмежені і не знайшли широкого практичного застосування. Зокрема, досить важко підібрати засіб, який, пригнічуючи зростання і розвиток бур'янів, не викликав би негативного впливу на культурні рослини. Крім того, в посівах будь-якої культури зустрічаються різні види бур'янів, щодо яких просто не існує універсального засобу боротьби.
Існує кілька аспектів у застосуванні біологічного методу боротьби з бур'янами:
1. Використання в сівозміні культур, здатних пригнічувати ріст і розвиток окремих бур'янів. До них належать озимі культури (жито та пшениця), суміші злаково-бобових культур на зелений корм, конопля, гречка, гірчиця та ін.
2. Використання деяких вузькоспеціалізованих фітофагів. Зокрема, листки повилики польової добре поїдаються жуками і личинками березового щитника. Молоде листя осота польового і чортополоху охоче поїдають личинки зеленого щитника. Личинки несправжнього слоника розвиваються на насінні тільки амброзії полинолистої, харчуються в її чоловічих суцвіттях, де і перетворюються з личинки на лялечку, а дорослі жуки харчуються пилком цієї рослини. Гусениці амброзієвої совки харчуються листям цієї рослини. Амброзієвий листоїд в умовах степової зони здатний знищити 100% рослин амброзії. Рослини горця звичайного дуже пошкоджуються нематодою і личинками ниркової голиці.
3. Використання фітопатогенних мікроорганізмів і вірусів, яких залучають окремі бур'яни. Наприклад, викликає затримку зростання цієї рослини, засихання листя, формування неповноцінного насіння. Іржа осота рожевого може призвести до відмирання до 80% його втечі ще до цвітіння. Токсичні штами гриба Fusarium orobanche, внесені в грунт при посіві баштанних культур, тютюну і махорки, вражають вовчок ще в стадії кореневих наростів (до появи кольороносів на поверхню). Відомі віруси та фітоплазми, що призводять до спотворення розвитку суцвітей осота рожевого, ромашки непахучої, чистця болотного та ін., внаслідок чого не утворюється насіння.
4. Застосування біогенних препаратів - продуктів біосинтезу мікроорганізмів або препаратів на основі живих мікроорганізмів. Зокрема, зараз широко застосовують так звані мікогербіциди. Проходять виробниче випробування мікогербіциди і мікоген для боротьби з канатником Теофраста.
5. Використання деяких видів риб для боротьби з небажаними водними рослинами. Наприклад, товстолобик і білий амур харчуються очеретом приморським, водяним горіхом, рогозом вузьколистим, очеретом звичайним, осоками тощо. Тому використання цих риб для боротьби з водними бур'янами доцільно в районах зрошення.
6. Використання птахів для знищення насіння бур'янів. Зокрема, зерна проса є улюбленим кормом диких качок. Тому в ряді країн плантації після збору врожаю рису використовують восени і взимку для годування диких качок (крякв), що дозволяє практично повністю очистити рисові поля від цього бур'яну.