Іноді на стародавніх пергаментах утворюються пурпурові плями і верхній шар сторінки псується, причому іноді настільки, що текст стає нечитаним. Італійські біологи і хіміки з'ясували на прикладі пергаментного сувою XIII століття, що ці плями утворилися через галофільні бактерії. Дослідження опубліковано в.
У 1244 році на пергаментному сувої довжиною в п'ять метрів було записано життєпис бенедиктинського ченця Лаврентія Лоріката. В юності він був солдатом і жив на півдні Італії. У віці 15-16 років (у 1205-1206 роках) Лорікат помилково вбив людину. Наступні 37 років, до смерті в 1243 році, він провів у молитвах і покаянні: Лорікат став відлюдником і жив у печері недалеко від Риму. Історія його життя була записана, коли церковники обговорювали його канонізацію (в результаті він не був зарахований до лику святих, а став вважатися блаженним). З кінця XVIII століття сувій з козячої шкіри зберігається у Ватиканському секретному архіві.
За минулі століття пергамент сильно постраждав - на ньому з'явилися пурпурові плями, які руйнували верхній шар аркуша і робили текст нечитаним. Найбільше постраждали початок і кінець документа, а також зовнішні поля. Вони майже повністю покриті плямами і, за припущенням вчених, плями, найімовірніше, з'явилися на поверхні сувою до того, як він потрапив в архів - там пергамент зберігається при постійних параметрах температури і вологості.
Автори нового дослідження вирішили встановити, які мікроорганізми стали причиною пошкоджень і спробувати зрозуміти, як вони потрапили на поверхню пергаменту. Вчені визначили хімічний склад пурпурових плям за допомогою Раманівської спектроскопії. А таксони мікроорганізмів з'ясували, визначивши послідовності гена 16S РНК. Цей ген зустрічається тільки біля прокаріот і у різних видів мікроорганізмів його послідовності відрізняються один від одного.
З'ясувалося, що у зразках неушкодженого пергаменту більшу частину мікроорганізмів становили актінобактерії, в основному з загону Багато актинобактеріінаселяють ґрунти і беруть участь у розкладанні хітина і целюлози. У пурпурових плямах зустрічалися не тільки актинобактерії, але й організми з загону Багато з них ставилися до галофільних бактерій, тобто таких, які можуть розвиватися в середовищі з високим вмістом кухонної солі. Раманівська спектроскопія показала, що в пурпурових плямах містяться каротиноїдні пігменти, в тому числі бактеріоруберін, який виробляється галофільними бактеріями.
Дослідники запропонували можливий сценарій, який пояснює, як галофільні бактерії опинилися на пергаменті. Пергамент виготовляли з тварини шкіри, і технологія обробки не змінювалася століттями. Щоб запобігти гниття, шкіру обробляли морською сіллю, а щоб видалити з неї шерсть - звісткою. Пергамент обробляли, щоб на ньому можна було писати чорнилом і відбілювали. На півдні Італії сіллю обробляли або суху шкіру, або клали її в чан з соляним розчином на кілька днів, а потім сушили на сонці. Автори статті припустили, що в розсолі напевно містилися галофільні мікроорганізми, які залишалися і в сухій шкірі.
Умови зберігання пергаментів у середні століття сприяли розмноженню мікроорганізмів. Книги зберігалися в монастирях, в закритих шафах, часто в сирості. Коли монахи (які часто були переписувачами книг) розгортали пергаменти, змінювалися освітлення і температура. Все це сприяло росту і розмноженню галофільних бактерій, і появі нових, які знаходилися на поверхнях, на руках і одязі ченців. Найстаріший Ватиканський архів довгий час розташовувався в замку Святого Ангела, який знаходиться на березі Тибра. У середні століття в ньому часто траплялися повені; вода могла досягати бібліотеки і намочити пергамент.
Раніше британські вчені досліджували ДНК зі сторінок Йоркського євангелія, написаного близько 1000 року. Вони з'ясували, що книга була написана на пергаменті з коров'ячої та овечої шкіри, на її сторінках знайшли бактерії з загону На деяких сторінках вчені виявили велику кількість людської ДНК. На їхню думку, це може вказувати на те, що клірики приносили на цьому євангелії клятви і, відповідно, брали в руки і цілували книгу.