Дослідникам вдалося знайти нових родичів SARS-CoV2 у яванських панголінах, нелегально завезених до Китаю. Метагеномний скринінг виявив дві лінії панголінових коронавірусів, які входять в ту ж групу що і раніше знайдений вірус кажанів RaTG13 і сам SARS-CoV2. Ключова ділянка S-білка однієї з ліній практично збігається з такою у SARS-CoV2, автори пояснюють це паралельною еволюцією або рекомбінацією. Препринт з'явився на сайті biorxiv.org 18 лютого, але тепер стаття прийнята до публікації і доступна на сайті. Через необхідність швидкого обміну інформацією з тематики COVID-19 ця робота вийшла в прискореному режимі і може містити неточності.
Чесуючи панголінів, незважаючи на охоронний статус, найактивнішим чином використовуються в китайській медицині, а м'ясо цих тварин цінується в місцевій кухні як делікатес. Нелегальний імпорт панголінів носить масовий характер - наприклад, ми писали про те, як на Гонконгській митниці одного разу заарештували 8,3 тонни луски цих звірів. Вивчення геномів коронавірусів під час пандемії COVID-19 дало підставу припустити, що масовий трафік може бути небезпечний не тільки для панголінів, а й для людей. Ще на початку епідемії було відомо, що всі ранні пацієнти c COVID-19 були пов'язані з уханьським ринком, і за однією з версій вірус був занесений разом з якимось диким видом, що продавався там, тому панголіни опинилися серед підозрюваних.
Восени 2019 року, ще до початку епідемії вийшла на стаття, присвячена метагеномам 11 яванських панголінів (Manis javanica), яких не змогли виходити в Гуандунському Центрі з порятунку диких тварин. Це було одне з перших досліджень вірусного розмаїття панголінів, і серед іншого дослідники виявили у них шматки РНК, схожі на парагрип і коронавіруси.
Через епідемію COVID-19 ці дані були підняті і переглянуті, і з них спробували зібрати чорновий геном коронавірусу панголіна. 7 лютого 2020 року на сайті Південно-китайського Університету з'явилася інформація, що цей геном збігається з SARS-CoV2 на 99 відсотків, але пізніше, - після виходу препринту 20 лютого з'ясувалося, що похапцем сталося непорозуміння. Виявилося, йшлося не про весь геном, а лише про ключовий домен S-білка, а геном загалом збігався на 90.2 відсотка.
Вчені з Гонконгського університету та Університету Шаньтоу провели незалежний аналіз метагеномів яванських панголінів. Як зразки тканин вони використовували тканини 18 тварин, вилучених у нелегальних торговців у 2017-2018 роках на півдні Китаю в Гуансі. Секвенування РНК виявило коронавіруси у п'яти з них (шість зразків тканин). На підставі геномних даних автори статті зробили аналог лабораторного тесту і перевірили ще 12 панголінів: у трьох з них у тканинах легенів знову знайшли коронавіруси.
Крім того, автори зібрали геном коронавірусу з тканин панголінів, вилучених аналогічним чином в Гуандуні в березні 2019 року, а заодно пересібрали консенсусний геном вірусу з даних вересневої роботи. Всього таким чином у них на руках виявилося 8 повних або майже повних геномів вірусів: шість - за кількістю зразків - з Гуансі і два з провінції Гуандун.
Нові геноми ще раз підтвердили розташування панголінових вірусів щодо SARS-CoV2 на філогенетичному дереві: далі ніж вірус підковоноса RaTG13, але ближче ніж все інше. Аналогічним чином підтвердилася інформація про те, що ділянка пов'язування з рецептором ACE2 у панголінових вірусів дуже схожа на SARS-CoV2, тоді як загалом нові геноми збігаються з ним на 85,5-92,4 відсотка.
Автори статті пропонують два сценарії, які можуть пояснити такий збіг. Білки ACE2 у людей більше схожі на панголіньї, ніж на ACE2 кажанів. Для вірусу життєво важливо добре зв'язуватися з цим білком, тому мутації, які цьому сприяють, легко закріплюються, тоді як решта геном змінюється повільніше. Як підсумок два відносно далеких віруси можуть придбати однакові мутації як пристосування до схожих ACE2 рецепторів.
За другою версією у когось із представників лінії, до якої належать обговорювані віруси і їх поки невідомі родичі, могла статися рекомбінація, при якій два віруси обмінялися ділянками S-білка, опинившись всередині одного господаря. Автори статті не можуть з точністю вказати на найбільш ймовірний варіант, але сподіваються що загадка вирішиться в міру появи нових даних.
Від редактора
Рекомбінантна гіпотеза не допомагає конспірологічним теоріям, що ростуть в достатку навколо походження SARS-CoV2 і обговорювалися; нещодавно в нашому матеріалі. Навіть якщо взяти геном RaTG13 і замінити в ньому ділянку S-білка на панголіній, то кінцевий вірус все одно буде мати масу розсипаних по всьому геному мутацій відрізняють його від SARS-CoV2.
Крім того, рекомбінація у коронавірусів може відбуватися і поза лабораторією, і більше того - широко поширена в природі. Це явище було виявлено у коронавірусів птахів, воно ж спровокувало; спалах пневмонії MERS у 2015 році, а рекомбінація всередині вірусів кажанів підготувала ґрунт для епідемії 2003 року (докладно про роль рекомбінації у зміні господарів у коронавірусів можна прочитати в огляді).
За актуальними дослідженнями і останніми новинами про коронавірус SARS-CoV2 можна детально стежити в окремій темі і оновлюваному блозі «Коронавірусні хроніки».